广州出入境边防检查总站于1998年6月29日正式成立。职改后，广州总站从边防武警现役制改为人民警察职业制。总站为正厅级建制，隶属公安部直接领导。总站机关设办公室、政治处、督察处、后勤处、边检处、技术处。机关直属单位设培训中心、服务中心、遣返审查所和门诊部。
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